I løpet av det neste tiåret opplevde områdene en økende nasjonalisme og et voksende ønske fra enkelte republikker og etniske grupper om å løsrive seg og bli selvstendige.
I løpet av denne perioden skjedde det store endringer i Serbia, og Slobodan Milosevic kom til makten, først som Serbias president, og senere som Jugoslavias. Milosevics innflytelse strakte seg over hele landet, og han formet landets medie- og sikkerhetsstrukturer til støtte for serbiske nasjonalister i Serbia, Kroatia og Bosnia.
På slutten av 1980-tallet begynte uavhengige politiske partier å dukke opp i hele Jugoslavia, og etnonasjonalismen fortsatte å vokse. Allerede tidlig i 1990 ble det avholdt flerpartivalg i Slovenia og Kroatia. Disse valgene ble overveldende vunnet av partier som var for uavhengighet, noe som førte til at begge landene erklærte seg uavhengige av Jugoslavia og markerte begynnelsen på de jugoslaviske krigene.
Først kom tidagerskrigen, som førte til at Slovenia brøt ut av Jugoslavia. Så kom den kroatiske uavhengighetskrigen, der tusenvis ble drept inntil en FN-overvåket våpenhvile trådte i kraft i 1992.
Deretter var det Bosnias tur til å erklære uavhengighet.
Alle de jugoslaviske landene var sammensatt av en blanding av etniske grupper, men Bosnia var kanskje det mest mangfoldige – bestående av serbere (tradisjonelt ortodokse kristne), kroater (katolikker) og bosniaker (muslimer).
I februar 1992 ble det avholdt en folkeavstemning om uavhengighet, og et overveldende flertall av befolkningen stemte for å forlate Jugoslavia. Landets bosnisk-serbiske befolkning boikottet folkeavstemningen i håp om å forhindre løsrivelsen, men uavhengigheten ble offisielt erklært den 1. mars 1992, og anerkjent av FN i april 1992.
Etter at Bosnia ble anerkjent som en uavhengig stat, allierte deler av den jugoslaviske folkehæren og Milosevics regjering seg med de bosnisk-serbiske lederne under navnet Republika Srpskas hær (VRS) og satte i gang en militærkampanje rettet mot bosniske og kroatiske sivile over hele landet.
I april 1992 var nesten hele Bosnia oppslukt av krig.